本會於110年5月19日以全醫聯字第1100000627號函(附件一)建請衛福部、疫情指揮中心就COVID-19疫苗相關事宜盡速與本會、各縣市醫師公會溝通說明；110年5月21日以全醫聯字第1100000656號函(附件二)檢送本會就疫情指揮中心「110年COVID-19疫苗接種計畫」之建議事項。
110年6月7日嚴重特殊傳染性肺炎中央流行疫情指揮中心回覆如附件三，重點略以:
1. 因應COVID-19疫苗實施對象逐步開放，為增加疫苗接種可近性，促使各類高感染風險之實施對象儘早獲得免疫保護力，指揮中心規劃請各縣市政府衛生局持續擴增COVID-19疫苗合約醫療院所，並逐步輔導轄內辦理常規或流感疫苗接種之基層診所，合約協辦COVID-19疫苗接種作業，亦將規劃各縣市設置具規模性之COVID-19疫苗接種站，並請縣市政府衛生局招募轄內基層醫療院所之醫護人員共同協助推動，以提升接種效率。
2. 有關疫苗接種作業，由於目前國際間供應之COVID-19疫苗以多劑型為主，為發揮疫苗使用效益，爰請各合約醫療院所規劃合適之預約機制，並妥善安排接種動線，促使民眾於報到、疫苗接種及留觀時維持社交距離及避免人流交錯之相關措施。
3. COVID-19疫苗撥配事宜，目前採由疫苗倉儲物流廠商配至醫院(如COVID-19之相關專責醫院)運用及至各縣市衛生局統籌規劃轄內運用，有關衛生局(所)供應之疫苗與療院所之領運作業，由雙方協同擬妥完善的冷運冷藏設備及運送方式，並依相關規範落實冷儲溫度監測作業，以疫苗運送過程及貯存均維持於疫苗規範之冷儲環境，確保疫苗品質。
4. 有關COVID-19疫苗接種受害救濟相關事宜，亦依據預防接種受害救濟基金徵收及審議辦法，依循現行預防接種受害救濟申請流程辦理。
5. 政府深刻體認國內醫療環境之改變及醫療院所對預防接種工作之用心投入。經各方努力及多方爭取，始獲得同意自107年起，全面提供預防接種合約醫療院所公費疫苗接種處置費，COVID-19之疫苗接種亦納入接種處置費補助範圍。由於目前疫苗基金收支短絀，既有之疫苗政策與預防接種工作需求，皆仰賴前年度賸餘款因應。為解決此一困境，政府尚在設法尋求財源因應，屆時倘能獲得額外經費，使疫苗基金收支回復平衡，並在經費允許範圍內，再通盤研議調整接種處置費之可行方案。
