本會於109.2.23第12屆第4次理事會中，提出建請中央流行疫情指揮中心、疾管署，儘速修訂明確合理之「基層診所因應嚴重特殊傳染性肺炎(COVID-19)感染管制措施指引」，並建議應就實際現況，修訂執行「飛沫微粒醫療處置」時之個人防護裝備案；109.2.26本會召開嚴重特殊傳染性(武漢)肺炎應變會議，會中針對前述討論案，請本會張副秘書長必正投稿媒體，建請中央儘速修訂相關指引，投稿內容於109.2.29刊登於蘋果日報；109.3.10本會周常務理事慶明受邀出席中央流行疫情指揮中心召開之專家諮詢會議，會中亦再次強調中央應儘速修訂相關感染管制措施指引，及修訂執行醫療處置時之個人防護裝備。
109.3.16中央流行疫情指揮中心經參考國內外相關指引，並徵詢國內專家委員及相關公會意見後完成「因應COVID-19(武漢肺炎)基層診所感染管制措施指引」，以提供基層診所依臨床實務及現況所需，參考內化於臨床作業流程中，落實執行。
旨揭指引提供現階段建議含括病人分流看診、工作人員健康監測、執行常規醫療照護、個人防護裝備、手部衛生、儀器設備、環境清消、接觸者匡列等感染管制措施，以利基層診所執行醫療照護時依循辦理，未來將視疫情發展及相關科學實證資料進行必要的修訂。
指引內容重點摘述如下:
(一)基層診所首要應規劃病人分流，避免候診區擁擠情形出現，以及落實適當的病人安置等感染管制措施。
(二)第一線工作人員應先口頭詢問相關主訴及TOCC等資料，詢問時應配戴醫用/外科口罩及落實手部衛生；若發現疑似個案，應立即分流，並請依循 「醫療院所因應COVID-19(武漢肺炎)分流就醫及轉診建議」處理，轉診至指定社區採檢院所就一；等待轉診期間，應請個案將口罩戴好，安置於獨立診間或通風良好處所。
醫療照護人員照護任何病人，均應執行標準防護措施，包括:手部衛生、依風險評估(預期有血液、體液暴露或接觸之風險)配戴適當個人防護裝備(口罩、手套、隔離衣、護目鏡等)、呼吸道衛生/咳嗽禮節、環境清潔等。
相關指引請至疾病管制署全球資訊網/嚴重特殊傳染性肺炎(COVID-19，簡稱武漢肺炎)/重要指引及教材/醫療機構因應COVID-19(武漢肺炎)感染管制措施指引項下下載。
